Пепси́н, фермент класса гидролаз; эндопептидаза, катализирует расщепление белков (кроме протаминов и склеропротеинов) и пептидов. Присутствует в желудочном соке позвоночных (за исключением не имеющих желудка рыб, круглоротых и животных с нежелезистым желудком).

С пепсина начинается процесс переваривания белков в желудочно-кишечном тракте. Он вырабатывается клетками слизистой желудка в виде неактивного предшественника (профермента, зимогена) – пепсиногена. Последний под влиянием соляной кислоты желудочного сока и уже содержащегося в нём активного фермента превращается в пепсин (при этом отщепляется N-концевой фрагмент, содержащий около 44 аминокислотных остатков).

Пепсин характеризуется низкой изоэлектрической точкой (находится при pH ниже 1), наиболее устойчив при pH около 5,0, быстро и необратимо инактивируется при pH выше 6,0. Активен в кислой среде (оптимум pH 1,5–2,0). Строгой специфичностью не обладает, атакует преимущественно пептидные связи по остаткам тирозина, фенилаланина, триптофана и некоторых других аминокислот; при этом образуются пептиды и небольшое количество свободных аминокислот.

Открыт в 1836 г. Т. Шванном; в 1930 г. получен Дж. Нортропом в кристаллическом виде. Молекула фермента состоит из одной полипептидной цепи; установлена его первичная и пространственная структура. Пепсин человека содержит 327 аминокислотных остатков, 3 дисульфидные связи и остаток фосфорной кислоты, связанный с гидроксильной группой серина; молекулярная масса 34 500. Известно около 12 изоформ пепсина.

Естественный ингибитор пепсина – пепстатин – пентапептид, продуцируемый бактериями рода Streptomyces. Пепсин (главным образом выделенный из желудков свиньи) используется в медицине (при хроническом гастрите, язвенной болезни, нарушениях секреции желудка и др.), в сыроделии.