Жан Валь в годы немецкой оккупации. В июне 1940 г. немецкие войска заняли Париж. Ж. А. Валь, благодаря помощи трёх китайских студентов, смог покинуть город за день до оккупации и скрывался на юге Франции у родителей. Это помогло ему избежать ареста. С наступлением учебного года в сентябре он вернулся в Париж, но в октябре на территории оккупированной Франции начали действовать расовые законы, принятые режимом «Виши». Валя отстранили от преподавания в Сорбонне, но ареста снова не последовало, возможно, потому что в бумагах он числился французом. До конца учебного года Валь вёл домашние семинары по М. Хайдеггеру и Ф. Гёльдерлину, одновременно работая библиотекарем фонда Бергсона. То, что семинары были посвящены немецким философу и поэту, притом философу – члену НСДАП, льстило немцам, возможно, отчасти поэтому гестапо взялось за Валя только в июле 1941 г., после его публичных высказываний против коллаборационизма. По свидетельству современников, Валь примкнул к Сопротивлению, но не соблюдал предосторожности ни в частной жизни (не пряча листовки от гостей своей квартиры), ни в печати, в частности в публикации в литературном журнале La Nouvelle Revue Française.

Валь был помещён на 36 дней в тюрьму Санте, откуда его переправили в концентрационный лагерь Дранси. Несмотря на тяжёлые условия, в тюрьме Валь занимался переводами У. Шекспира на французский, а в концлагере написал почти 100 стихотворений и проводил лекции об А. Л. Бергсоне, на чтение которых среди заключённых в лагере собирались около трёхсот слушателей.

Через 64 дня после заключения в лагерь Валю удалось бежать. По одним сведениям, побег был организован усилиями П. Бутанга, имевшего связи в правительстве Виши. По этой версии, Бутанг, хотя и прославился до войны антисемитской публицистикой, ранее был студентом Валя и взялся его спасти. По другим сведениям, побег удался, потому что сотрудникам программы Фонда Рокфеллера по спасению европейских интеллектуалов удалось договориться с медицинским персоналом концлагеря: когда там началась внезапная эпидемия дизентерии и руководство лагеря решило временно выпустить порядка 800 заболевших заключённых, чтобы они не заразили охранников, – врач включил Валя в список заболевших.

Философ покинул Дранси и на 2 недели вернулся в Париж. В декабре он отбыл из столицы в лионском направлении и смог покинуть пределы вишистской Франции, сначала обосновавшись у брата Поля в Маконе, а затем, до июня 1942 г., – в Марселе. Из Марселя через Касабланку Валь добрался кораблём до Балтимора 31 июля 1942 г. Как и другие интеллектуалы из Франции, в 1942–1945 гг. Валь участвовал в образовательной и культурной миссии «Свободной Франции» в США.

Сразу после приезда в США в 1942 г. Валь вместе с А. Фосийоном, Г. Коэном, А. Койре, Ж. Маритеном и др. при финансовой поддержке Фонда Рокфеллера основывает в Нью-Йорке Свободную школу высших исследований, в которой вместе с ними, среди прочих, преподавали Р. О. Якобсон, К. Леви-Строс, Л. Леви-Брюль, В. Янкелевич. Параллельно Валь преподавал в массачусетских колледжах Маунт-Холиок (1942–1945) и Смит (1944–1945). В Маунт-Холиок удалось частично возобновить атмосферу декад Понтиньи почившего в начале войны П. Дежардена – десятидневных съездов учёных, интеллектуалов, художников и поэтов всех направлений. Годы пребывания в США укрепили связи до того более закрытого французского университетского мира с англоязычными интеллектуалами и американскими академическими институциями.