Эстуа́рий (от лат. aestuarium – затопляемое устье реки, залив), полузамкнутая система водоёмов и водотоков в пределах устьевой области реки, которая постоянно или периодически сообщается с приёмным водоёмом (океаном, морем, озером). Внутри системы в результате смешения пресных речных и солоноватых или солёных морских (или озёрных) водных масс формируется барьерная зона с солёностью воды от 1 до 8 ‰.

Верхняя граница эстуария определяется по морфологическим, либо по гидрологическим признакам. Верхней морфологической границей может служить резкое сужение русла или нижний эстуарный край дельты, прилегающий к эстуарию. При гидрологическом принципе выделения верхней границы учитывают положение у дна изогалины 1 ‰ в межень, например, при среднем минимальном расходе воды реки и сизигийном приливе или нагоне в прибрежной зоне 10 % обеспеченности. Нижняя граница эстуария (устье эстуария) – это место выхода эстуария (лимана, лагуны) в устьевую зону приёмного водоёма, либо пролив между частично блокирующими эстуарий аккумулятивными формами, либо створ на нижнем (морском, озёрном) конце эстуарного расширения русла реки или рукава дельты. Наиболее крупные эстуарии мира – Обская губа, Чесапикский и Енисейский заливы.

В научной литературе (особенно зарубежной, где изучению эстуариев традиционно уделяется большое внимание) существует много разнообразных и нередко противоречащих друг другу классификаций эстуариев. Эти объекты подразделяют по морфологическому строению и происхождению, характеру продольного распределения солёности воды, типу вертикального перемешивания и стратификации вод, величине приливов и т. д.

Наиболее распространено подразделение эстуариев на следующие типы: 1) затопленные речные долины или эстуарии береговых равнин; в отечественной литературе эстуариям этого типа соответствуют лиманы в южных районах бывшего СССР и губы в северных районах; 2) эстуарии, отгороженные от моря береговыми барами и эстуарии лагунного типа; в отечественной литературе такие эстуарии называют лагунами (при этом наличие втекающих в них рек – обязательное условие, в противном случае лагуна эстуарием не считается); 3) эстуарии руслового типа, обычно формируются в макроприливных устьях рек с величиной прилива более 4 м (устья Мезени, Кулоя, Темзы) или в рукавах крупных приливных дельт (Ганга и Брахмапутры, Иравади, Меконга, Нигера); внешней (морской) границей эстуария этого типа служат концы устьевого расширения русла; 4) эстуарии в верхних частях морского залива, фьорда.

По характеру продольного распределения солёности воды эстуарии подразделяются на «положительные» и «отрицательные». В «положительных» (классических) эстуариях солёность воды постепенно уменьшается по направлению от моря. В «отрицательных» («обратных» или гиперсолёных) эстуариях солёность воды на некотором участке эстуария возрастает в сторону реки, где она может стать намного больше, чем в море. Такое явление наблюдается в некоторых устьях рек чрезвычайно засушливых районов Западной Африки и Австралии. Это объясняется сильным испарением воды и подтоком в устье реки морских вод.

По степени вертикального распределения солёности воды эстуарии делят на три типа: с полным перемешиванием по глубине и слабой стратификацией вод; с частичным перемешиванием и умеренной стратификацией вод; с клином осолонённых вод у дна и сильной стратификацией вод. По величине приливов выделяют эстуарии неприливные (величина прилива менее 0,3 м), микроприливные (величина прилива от 0,3 до 2 м), мезоприливные (величина прилива от 2 до 4 м), макроприливные с величиной прилива более 4 м.

Через многие эстуарии проходят транзитные судоходные пути. В некоторых эстуариях находятся крупные речные и морские порты, например, Николаевск-на-Амуре (Россия), Николаев в Бугском лимане (Украина), Нью-Йорк в эстуарии Гудзона (США).