Фармацевти́ческая организа́ция, юридическое лицо независимо от организационно-правовой формы, осуществляющее фармацевтическую деятельность (организация оптовой торговли лекарственными средствами, аптечная организация). В целях Федерального закона от 21 ноября 2011 г. № 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» (Закон № 323-ФЗ) к фармацевтическим организациям приравниваются индивидуальные предприниматели, осуществляющие фармацевтическую деятельность (п. 12 ч. 1 ст. 2 Закона № 323-ФЗ).

Согласно ч. 2 ст. 29 Закона № 323-ФЗ организация охраны здоровья основывается на функционировании и развитии государственной, муниципальной и частной систем здравоохранения. При этом фармацевтические организации, подведомственные федеральным органам исполнительной власти и исполнительным органам государственной власти субъектов РФ, входят в государственную систему здравоохранения. Фармацевтические организации, подведомственные органам местного самоуправления, входят в муниципальную систему здравоохранения. Частную систему здравоохранения составляют создаваемые юридическими и физическими лицами медицинские, фармацевтические и иные организации, осуществляющие деятельность в сфере охраны здоровья (части 3–5 ст. 29 Закона № 323-ФЗ).

Фармацевтическая деятельность подлежит лицензированию (п. 47 ч. 1 ст. 12 Федерального закона от 4 апреля 2011 № 99-ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности»). В соответствии с ч. 1 ст. 52 Федерального закона от 12 апреля 2010 г. № 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» фармацевтическая деятельность осуществляется организациями оптовой торговли лекарственными средствами, аптечными организациями, ветеринарными аптечными организациями, индивидуальными предпринимателями, имеющими лицензию на фармацевтическую деятельность, медицинскими организациями, имеющими лицензию на фармацевтическую деятельность, и их обособленными подразделениями, расположенными в сельских населённых пунктах, в которых отсутствуют аптечные организации, и ветеринарными организациями, имеющими лицензию на фармацевтическую деятельность. Порядок лицензирования фармацевтической деятельности, осуществляемой юридическими лицами, установлен соответствующим положением, утверждённым постановлением Правительства РФ от 31 марта 2022 г. № 547.