Руководи́тель сле́дственного о́ргана, должностное лицо, возглавляющее соответствующее следственное подразделение, а также его заместитель [п. 38.1 ст. 5 Уголовно-процессуального кодекса РФ (УПК РФ)].

Руководитель следственного органа как профессиональный участник уголовного судопроизводства со стороны обвинения – это должностное лицо, назначенное в установленном законом порядке возглавлять вверенное ему соответствующее следственное подразделение и уполномоченное осуществлять контроль за законностью принимаемых следователем решений, а так же уголовно-процессуальное руководство за расследованием преступлений, обладая при этом соответствующими правами и обязанностями, реализуя которые он вступает в уголовно-процессуальные отношения с другими участниками процесса (Н. А. Моргунова. К вопросу о понятии руководителя следственного органа // Общество и право. 2010. № 1. С. 253).

В целом процессуальные полномочия руководителя следственного органа установлены ст. 39 УПК РФ. В соответствии с ч. 5 ст. 39 УПК РФ полномочия руководителя следственного органа осуществляют председатель Следственного комитета РФ (далее СК РФ); руководители следственных органов СК РФ по субъектам РФ, по районам, городам; заместители указанных руководителей; а также руководители следственных органов соответствующих федеральных органов исполнительной власти (при соответствующих федеральных органах исполнительной власти), их территориальных органов по субъектам РФ, по районам, городам; их заместители; иные руководители следственных органов и их заместители.

Объём процессуальных полномочий указанных руководителей следственных органов устанавливается председателем СК РФ (приказы СК России от 17 октября 2014 г. № 89, от 15 января 2011 г. № 5), руководителями следственных органов соответствующих федеральных органов исполнительной власти (при соответствующих федеральных органах исполнительной власти) (приказ МВД России от 8 ноября 2011 г. № 58, приказ ФСБ России от 24 марта 2022 г. № 29).

Руководитель следственного органа может как осуществлять руководство деятельностью следователей (части 1, 3–5 ст. 39 УПК РФ), так и принять уголовное дело к своему производству и произвести предварительное следствие в полном объёме, обладая при этом полномочиями следователя или руководителя следственной группы (ч. 2 ст. 39 УПК РФ).