Пенитенциа́рная систе́ма, пенитенциария (от лат. poenitentia – раскаяние), в широком смысле – совокупность социальных, общественных, государственных институтов, средств, методов, обеспечивающих раскаяние, а именно – осознание человеком своей вины в совершённом преступлении, проступке, ошибке, выражение сожаления о содеянном.

В современной России на основании широкого понимания в понятие «пенитенциарная система» входят учреждения и органы, исполняющие уголовные наказания и меры уголовно-правового характера, меры административного наказания и меры профилактического воздействия на правонарушителей. К пенитенциарной системе могут быть отнесены и сеть специальных образовательных учреждений для несовершеннолетних правонарушителей, и религиозные учреждения различных конфессий; выполняют пенитенциарные функции и другие органы и учреждения.

Пенитенциарная система в узком смысле – совокупность, как правило, государственных учреждений и органов, исполняющих уголовные наказания и иные меры уголовно-правового характера. Подобные учреждения возникли в 17–18 вв., когда в связи с развитием капиталистических отношений создались условия для содержания осуждённых и лиц с антисоциальным поведением (проституток, нищих, бродяг) в отдельных помещениях – тюрьмах. Тюрьмы создаются в Европе (цухтхаузы, приюты, исправительные дома), Северной Америке (реформатории, пенитенциарии), в Австралии и других странах. Наибольшую известность получили Филадельфийская (Пенсильванская) и Оборнская тюремные системы, в которых была реализована идея религиозного протестантского движения квакеров о покаянии преступника как основе его исправления. Соответственно эти тюрьмы назывались пенитенциариями, поэтому термин «пенитенциарная система» отождествлялся именно с тюремной системой.

Помимо тюрем, пенитенциарные (тюремные) системы различных государств включают разные виды тюремных учреждений закрытого (исправительные дома, трудовые дома, переходные тюрьмы, трудовые и исправительно-трудовые колонии) и полуоткрытого (тюрьмы-фермы, сельскохозяйственные колонии-поселения) типов, а также органы, обеспечивающие исполнение мер наказания или мер уголовно-правового характера без изоляции осуждённых от общества (служба пробации, инспекции исправительных работ, спецкомендатуры, уголовно-исполнительные инспекции и т. п.). Реализация государственного принуждения является прерогативой государства, поэтому нередко пенитенциарную систему определяют как совокупность государственных учреждений и органов, исполняющих наказания и иные меры уголовно-правового характера. Однако в ряде государств (США, Великобритания, Франция и др.) существуют и частные тюрьмы.

В России в пенитенциарную систему входят: тюрьмы, исправительные колонии общего, строгого и особого режима, колонии-поселения, воспитательные колонии, отчасти следственные изоляторы, арестные дома (наказания, связанные с изоляцией осуждённого от общества), уголовно-исполнительные инспекции (наказания, не связанные с изоляцией осуждённого от общества), исправительные центры (наказание в виде ограничения свободы), судебные приставы-исполнители (наказание в виде штрафа), дисциплинарные воинские части (наказание в виде направления в дисциплинарную воинскую часть), гауптвахты (наказание в виде ареста военнослужащих) и командиры воинских частей (наказание в виде ограничения по военной службе).

См. также статьи Исправительные учреждения, Пенология.