Конфликт англикан с «христианами апостола Фомы». Глава Англиканской церкви в Индии епископ Калькуттский Дэниел Уилсон (1778–1858) и многие миссионеры Церковно-миссионерского общества (ЦМО) были убеждены, что английское правление в Индии в целом и Англиканская церковь в частности исполняют цивилизаторский долг. Эта убеждённость привела к конфликту с большей частью «христиан апостола Фомы», входившей в состав Маланкарской митрополии под формальной юрисдикцией патриарха Сиро-Яковитской православной церкви. В историографии того времени Маланкарская митрополия часто называется «Сирийской церковью», а принадлежавшие к ней «христиане апостола Фомы» – «сирийцами».

Связи между англичанами и этой общиной были установлены в 1806 г., когда состоялась встреча между одним из первых англиканских миссионеров в Индии К. Бьюкененом, имевшим полномочия от британского генерал-губернатора Индии Р. Уэллсли, и сиро-яковитским митрополитом Маланкарским Дионисием I (известен также как Мар Тома IV). На встрече митрополит изложил Бьюкенену главные проблемы своей церкви: небольшое число рукописей Библии на сирийском языке, а также нищета и малограмотность «сирийского» духовенства. Бьюкенен предложил напечатать достаточное количество экземпляров Библии на сирийском, а также подготовить и издать её перевод на местный разговорный язык малаялам. В 1815 г. англичане открыли в Коттаяме семинарию для «сирийских» священников; преподавание в ней находилось в руках миссионеров ЦМО. Одновременно с Библией на малаялам была переведена «Книга общественного богослужения».

В 1808 г. Дионисий I скончался. На тот момент британцы чувствовали себя в этом регионе достаточно уверенно, чтобы резидент Британской Ост-Индской компании в Траванкоре Дж. Манро попытался вмешаться в выборы нового митрополита, однако его кандидат вскоре после избрания ушёл на покой. Англиканские миссионеры демонстрировали уважение к историческому индийскому христианству. Получив право проповедовать в храмах Маланкарской митрополии, они стали открыто осуждать многие практики «сирийцев» (почитание икон и мощей, молитвы за усопших, богатую обрядность, богослужение на непонятном языке), которые ошибочно считали следствием римско-католического влияния. Миссионеры поощряли, а в некоторых случаях принуждали «сирийских» священников совершать богослужение на малаяламе. Богослужение на понятном языке, с одной стороны, вызвало у большинства «сирийцев» чувство разрыва с традицией, с другой – привлекло к миссионерам часть «христиан апостола Фомы». Миссионеры также выступали за деконструкцию кастовой системы, в которой «христиане апостола Фомы» занимали привилегированное положение. Это не нравилось значительной части «сирийцев» и вызывало конфликты с индуистским большинством.

Вскоре среди небольшой части духовенства Маланкарской митрополии зародилось желание реформировать свою церковь, фактически привнеся в неё элементы протестантизма. В январе 1836 г. митрополит Маланкарский Дионисий IV созвал собор в Мавеликкаре, на котором было решено прекратить сотрудничество с английскими миссионерами. На этой почве произошёл конфликт церковной власти с двумя группами внутри митрополии.

Первая, малочисленная группа, так называемые «евангелические христиане апостола Фомы», или «сирийские англикане», просто отделилась от своей старой церкви и перешла в англиканство. За несколько десятилетий она полностью утратила элементы западно-сирийского обряда. Почти все представители этой общины проживали в Траванкоре и Кочине, которые имели статус туземных княжеств и административно не входили в состав Британской Индии. 5 октября 1841 г. в связи с созданием епископской кафедры Церкви Англии в Иерусалиме (АЦИ) британский парламент принял постановление (Bishops in Foreign Countries Act. 1841. 5 Vict., chap. 6) о порядке назначения епископов Церкви Англии за пределами британских владений. Это позволило АЦИ создать в 1879 г. Траванкорскую и Кочинскую епархию с кафедрой в Коттаяме, большинство прихожан в которой составляли «сирийские англикане».

Вторая группа была значительно крупнее. Её возглавлял священник А. Малпан, который был твёрдо намерен сохранить основы традиции и богослужебного уклада своей церкви, однако хотел провести в ней ряд реформ по протестантскому образцу. Для этого он ещё при жизни Дионисия IV добился от сиро-яковитского патриарха посвящения своего родственника в сан митрополита Маланкарского под именем Матфея Афанасия. Однако большинство «сирийцев» не приняло вернувшегося в Индию Матфея Афанасия, а Дионисий назвал его «марионеткой европейцев» и объявил низложенным. После неудачных попыток внутрицерковного разбирательства, специальная британская комиссия в 1852 г. признала Матфея Афанасия «законным» митрополитом.

В конце 19 в. сиро-яковитский патриарх Антиохийский Игнатий Пётр IV, лично посетив Великобританию и Индию, вернул Маланкарскую митрополию к исторической сиро-яковитской традиции и отстранил проанглийскую партию от церковного управления. Тогда сторонники протестантских реформ окончательно разорвали связи с Сиро-Яковитской православной церковью, создав в 1888 г. собственное сообщество. Позднее оно разделилось на несколько ветвей, крупнейшая из которых известна как Церковь Мар Тома. Она состоит в полном общении с Англиканским содружеством без вступления в эту организацию. В начале 21 в. это единственная церковь восточной традиции, находящаяся в общении с англиканством.