Клубенько́вые бакте́рии (ризобии), группа бактерий семейства Rhizоbiaceae, представленных родами Rhizobium, Bradyrhizobium, Sinorhizobium, Azorhizobium и Mesorhizobium. Мелкие подвижные палочки (1–3 мкм), спор не образуют, гетеротрофы, аэробы. Многочисленны в почве и водоёмах. Получили своё название по способности к внутриклеточному симбиозу преимущественно с бобовыми растениями; при этом на корнях (у некоторых видов – на стеблях) формируются небольшие (5–10 мм в диаметре) округлые вздутия – клубеньки. При контакте с корневыми волосками растений, под воздействием экскретируемых корнем флавоноидов, клубеньковые бактерии продуцируют т. н. сигнальные молекулы (липохитоолигосахариды); с их помощью клубеньковые бактерии проникают внутрь и образуют особую структуру – полую инфекционную нить, через которую достигают клеток корня. Инфицирование завершается формированием клубенька, внутри которого клубеньковые бактерии превращаются в т. н. бактероиды, активно усваивающие азот за счёт использования продуктов фотосинтеза растения в качестве источника энергии. Для защиты ответственного за азотфиксацию ферментного комплекса бактероидов нитрогеназы от ингибирующего действия кислорода растение выделяет специальный белок – легоглобин, окрашивающий клубенёк в розовый цвет. Лишь часть клубеньковых бактерий превращается в бактероиды; большинство остаётся в клубеньке в недифференцированном состоянии и после его отмирания переходит в почву. Клубеньковые бактерии широко используются в качестве бактериальных удобрений в виде препаратов нитрагин, ризоторфин и др., дающих особенно большой эффект на полях, где впервые культивируются бобовые растения.