Иммуногене́тика, раздел иммунологии, исследующий генетические основы иммунологических процессов. Термин «иммуногенетика» предложили американские учёные М. Ирвин и Л. Коле в 1930 г. Зарождение иммуногенетики связано с изучением наследования групп крови, а также с генетическим анализом тканевой совместимости. Важным инструментом генетического анализа тканевой совместимости стало создание чистых линий мышей, благодаря чему были сформулированы генетические законы трансплантации (Дж. Литтл, США). Совместными усилиями английского иммунолога П. Горера, изучавшего антигены групп крови мышей, и Дж. Д. Снелла, исследовавшего гены гистосовместимости, был описан локус Н-2, детерминирующий сильные антигены тканевой совместимости. Аналогичные комплексы были описаны у других животных и получили общее название главный комплекс гистосовместимости (ГКГ). У человека такой комплекс описан Ж. Доссе под названием HLA (от англ. human leukocyte antigens). Главная особенность генов ГКГ – высокий полиморфизм (сотни аллелей в наиболее полиморфных локусах), обнаруженный с помощью методов ДНК-типирования. В 1950-е гг. было начато изучение генетического контроля интенсивности иммунного ответа. Основной ген иммунного ответа (Ir-1) был картирован в ГКГ, и была показана его идентичность с генами ГКГ класса II. Это направление исследований влилось в изучение генов ГКГ. Б. Бенаcерраф, Дж. Д. Снелл и Ж. Доссе открыли гены ГКГ и установили их связи с Ir-1 (Нобелевская премия, 1980). П. Дохерти и Р. Цинкернагель доказали участие белков, кодируемых генами ГКГ, в презентации антигенов (Нобелевская премия, 1996). Другое важнейшее направление иммуногенетики посвящено генетическому анализу иммунопатологии человека. Оно зародилось в 1950–60-е гг. в связи с открытием и доказательством генетической природы первичных иммунодефицитов (редкие, обычно смертельные заболевания; известно несколько десятков). Наиболее значительные достижения в этой области связаны с расшифровкой молекулярных основ генетических дефектов, служащих причиной этих заболеваний; разрабатываются способы лечения наследственных иммунодефицитов с помощью введения в организм больного генетического материала (генотерапия).

Методы иммуногенетики служат основой для подбора совместимых пар при трансплантации органов и тканей. Достигнуты успехи в изучении генетической связи заболеваний с определёнными аллелями HLA, а также в исследовании роли гистосовместимости при невынашивании беременности. Анализ полиморфизма генов ГКГ в популяциях широко используется в антропологии и геногеографии.