Аммонифика́ция, процесс разложения микроорганизмами (аммонификаторами) азотсодержащих веществ с выделением газообразного аммиака NH₃ или ионов аммония. Аммонификация – один из важнейших этапов круговорота азота в природе. Аммонификация наиболее активно осуществляется почвенными микроорганизмами, а также бактериями, обитающими в желудочно-кишечном тракте различных организмов. Среди них – грамположительные спорообразующие аэробные бактерии родов Bacillus и Clostridium, не образующие спор – актинобактерии родов Arthrobacter, Mycobacterium, Micrococcus и грамотрицательные бактерии родов Pseudomonas и Proteus. Благодаря аммонификаторам происходит минерализация азотсодержащих продуктов жизнедеятельности и разложения различных организмов.

Аммонификация имеет место в ходе восстановления нитратов до нитритов и далее до аммиака (ассимиляционная нитратредукция), при разложении мочевины уробактериями, но главным образом – в процессе распада азотсодержащих биополимеров (в том числе белков и нуклеиновых кислот). В последнем случае биополимеры гидролизуются сначала с образованием низкомолекулярных соединений – аминокислот и азотистых оснований, которые затем дезаминируются с образованием аммиака и безазотистых органических соединений. Разложение биополимеров всегда сопровождается выделением сероводорода, первичных аминов, меркаптанов и индола, обладающих специфическим неприятным запахом. В анаэробных условиях аммонификация происходит медленно и не приводит к значительному образованию аммиака, а амины сохраняются длительное время (на воздухе они быстро окисляются с выделением аммиака). Аммонификацию биополимеров иногда называют также гниением или гнилостным разложением, однако чаще эти термины используются, когда речь идёт об анаэробном распаде белков.