Руководи́тель федера́льного о́ргана уголо́вно-исполни́тельной систе́мы, лицо, осуществляющее полномочия нанимателя от имени Российской Федерации в отношении сотрудников уголовно-исполнительной системы (п. 3 ст. 1 Федерального закона от 19 июля 2018 № 197-ФЗ «О службе в уголовно-исполнительной системе Российской Федерации и о внесении изменений в Закон Российской Федерации "Об учреждениях и органах, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы"»).

Согласно пунктам 1, 9 Положения о Федеральной службе исполнения наказаний, утверждённого Указом Президента РФ от 13 октября 2004 г. № 1314, руководителем федерального органа уголовно-исполнительной системы является директор ФСИН России, который назначается на должность и освобождается Президентом РФ по представлению министра юстиции РФ. Директор ФСИН России несёт персональную ответственность за осуществление возложенных на ФСИН России полномочий.

Полномочия директора ФСИН России представлены в п. 11 Положения. Так, в частности, директор ФСИН России:

• осуществляет на основе единоначалия руководство деятельностью ФСИН России;

• распределяет обязанности между своими заместителями, устанавливает полномочия других должностных лиц ФСИН России по решению ими оперативных, организационно-штатных, кадровых, финансовых, производственно-хозяйственных и иных вопросов, относящихся к компетенции ФСИН России;

• вносит министру юстиции РФ проект положения о ФСИН России; предложения о предельной численности и фонде оплаты труда работников центрального аппарата ФСИН России и её территориальных органов и др.;

• утверждает структуру и штатное расписание территориальных органов ФСИН России; смету расходов на содержание работников ФСИН России в пределах утверждённых на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в федеральном бюджете, и др.