Пограни́чные флоти́лии, общее название некоторых морских и речных соединений кораблей и судов, входивших в состав российских и советских морских пограничных сил (Балтийская таможенная крейсерская флотилия; флотилия Отдельного корпуса пограничной стражи; советские пограничные флотилии; Амурская речная пограничная флотилия).

Балтийская таможенная крейсерская флотилия учреждена в 1873 г., в 1893 г. вошла в состав Отдельного корпуса пограничной стражи на правах отдельного соединения, упразднена в 1897 г. На Чёрном и Каспийском морях в этот период крейсерские флотилии не создавались, отдельные суда (катера) подчинялись местным таможенным органам.

Флотилия Отдельного корпуса пограничной стражи образована в 1897 г. на основе упразднённой Балтийской таможенной крейсерской флотилии с передачей её судов в ведение Отдельного корпуса пограничной стражи. Для управления флотилией при штабе корпуса создана особая морская часть. В 1914 г. в составе флотилии Отдельного корпуса пограничной стражи числилось 730 офицеров и матросов, 12 крейсеров, около 600 паровых, моторных, парусных и гребных катеров и судов, находившихся на Белом, Балтийском, Чёрном, Каспийском морях и на пограничных реках в Европейской части России. С началом Первой мировой войны 1914–1918 гг. корабли флотилии переданы в состав соответствующих флотов (флотилий) ВМФ Российской империи.

Советские пограничные флотилии (1921–1935). Летом 1921 г. созданы Финско-Ладожская и Каспийская флотилии погранохраны Всероссийской чрезвычайной комиссии, которые были расформированы в октябре – ноябре того же года. С созданием в 1922 г. Отдельного пограничного корпуса войск Государственного политического управления в январе 1923 г. сформированы 4 флотилии морской пограничной охраны (Северная, Финско-Ладожская, Черноморская и Каспийская), которые организационно входили в состав пограничных округов, имевших водные границы. Общее управление флотилиями корпуса осуществлял помощник начальника штаба войск Государственного политического управления по морской части, который возглавлял Отделение морской пограничной службы Отдельного пограничного корпуса. Однако навигация 1923 г. показала, что малочисленность судового состава, отсутствие надёжных средств связи и управления не позволяют штабам флотилий самостоятельно организовать охрану морских границ. В конце 1923 г. Черноморская флотилия расформирована, а Финско-Ладожская флотилия переименована в Балтийскую. В 1924 г. расформированы Каспийская, Северная, Балтийская флотилии с передачей их кораблей и катеров в состав создаваемых морских пограничных баз. В 1933 г. краевая морская база пограничной охраны Дальневосточного края реорганизована в Дальневосточную флотилию пограничной охраны Полномочного представительства Объединённого государственного политического управления Дальневосточного края в составе Владивостокского и Петропавловского морских отрядов судов, а также Хабаровского и Благовещенского речных отрядов судов. В 1935 г. Дальневосточная флотилия пограничной охраны расформирована, её корабли и катера вошли в состав созданных морских пограничных отрядов.

Амурская пограничная речная флотилия создана в феврале 1995 г. в соответствии с Указом Президента РФ. В её состав вошли отдельные соединения пограничных сторожевых кораблей, отдельный дивизион пограничных кораблей и катеров, части и подразделения обеспечения. К 1998 г., исходя из оценки и прогноза развития внешних и внутренних угроз безопасности РФ, экономического состояния страны, было принято решение о расформировании флотилии.