Микрону́клеус (генеративное ядро), меньшее из двух ядер клетки инфузории (Сiliophora), которое содержит ДНК в неактивной форме и необходимо для обмена генетической информацией при половом процессе. Некоторые инфузории имеют несколько (до 100) микронуклеусов.

Микронуклеус диплоиден и делится путём митоза без разрушения ядерной оболочки. Во время полового процесса (конъюгации) микронуклеус вступает в мейоз с образованием 4 гаплоидных половых ядер, из которых 3 разрушаются, а оставшееся делится путём митоза, образуя 2 гаплоидных ядра (пронуклеуса) – стационарное (остаётся в клетке) и мигрирующее (отправляется на обмен в ходе слияния). Новое гаплоидное ядро, попав в чужую клетку, сливается с уже имеющимся там ядром, образуя синкарион – обновлённый диплоидный микронуклеус.

Образовавшийся микронуклеус ещё раз делится, давая начало микронуклеусу и новому макронуклеусу, который образуется вместо разрушившегося прежнего большого ядра. При образовании нового макронуклеуса значительная часть ДНК микронуклеуса, содержащая высокий процент некодирующих последовательностей, утрачивается, а оставшиеся фрагменты ДНК амплифицируются.

В дальнейшем инфузория размножается вегетативно уже с новым набором генов, полученным от другой клетки.

(Догель В. А. Зоология беспозвоночных. Москва, 2009.)