Конфликт между Т. Таджуддином и Р. Гайнутдином. Данный спор – один из главных в среде мусульманского духовенства постсоветской России; обусловлен проходившим в начале 1990-х гг. процессом появления региональных духовных управлений, не подотчётных Центральному духовному управлению мусульман России (ЦДУМ). Нарастающая напряжённость вылилась в публичный разрыв отношений между муфтиями, когда в сентябре 1994 г. решением пленума ЦДУМ московский муфтий был снят со всех должностей.

С этого момента в публичном пространстве развернулась полемика между двумя лагерями. Сторонники Т. Таджуддина обвиняли Р. Гайнутдина в предательстве своего наставника и поддержке деятельности ваххабитов. В свою очередь сторонники Гайнутдина резко отвечали на обвинения в свой адрес. Например, в ноябре 1998 г. по итогам совместного расширенного заседания Совета муфтиев России (СМР) и Высшего координационного совета Духовных управлений мусульман России было обнародовано первое антитаджуддиновское заявление, подписанное среди прочих и Гайнутдином. В этом документе председатель ЦДУМ обвинялся в незаконном присвоении звания «Верховный муфтий России». 

В декабре 2009 г. начались переговоры и консультации между руководителями мусульманских организаций России, ЦДУМ и Духовного управления мусульман Российской Федерации, включая СМР, об объединении их в единую структуру, но в том числе из-за разногласий Таджуддина и Гайнутдина процесс объединения мусульманских организаций был приостановлен на неопределённое время.

В одном из интервью газете «Коммерсант» Гайнутдин объяснил неприятие предложения Таджуддина, обращённое к СМР в декабре 2015 г.: «Мы не можем принять Талгата Таджутдина и его организацию в СМР, потому что он нарушил устав своей организации, не согласовав решение об объединении ни с одним из лидеров региональных духовных управлений, входящих в состав ЦДУМ. ...Наша молодёжь и интеллигенция не воспринимает Талгата Таджутдина духовным лидером» (Коробов П. Мусульмане разошлись в вопросе объединения // Коммерсантъ. Дата публикации: 4 января 2016).

Конфликт мусульманских лидеров можно рассматривать как одну из предпосылок существующего раскола российского исламского общества наряду с политическими, этническими, религиозными и финансовыми причинами.