Инкубацио́нный пери́од (от лат. incubo – покоиться), промежуток времени от момента проникновения возбудителя инфекции в организм до появления первых клинических признаков заболевания. Во время инкубационного периода возбудитель размножается и распространяется в организме по клеткам и тканям, иммунная система формирует первые защитные реакции. Для каждой инфекционной болезни характерна своя продолжительность инкубационного периода (при респираторных инфекциях человека он составляет от 1–2 часов до 3 суток, при вирусных гепатитах – до нескольких месяцев, при лепре – до нескольких лет), что является диагностическим критерием и позволяет установить приблизительное время инфицирования, а затем выявить источник инфекции. Длительность инкубационного периода зависит от количества и типа патогенных микроорганизмов, механизма их проникновения в организм, а также от состояния иммунной системы организма. Вакцинация и серопрофилактика удлиняют инкубационный период.

При некоторых инфекциях (например, корь, дифтерия) во время инкубационного периода возбудители выделяются в окружающую среду, что может привести к заражению других лиц.