Аутоинфе́кция (от ауто… и инфекция) (аутогенная инфекция, эндогенная инфекция), инфекционное заболевание, вызванное микроорганизмами, входящими в состав собственной микрофлоры организма человека (стрептококки и стафилококки, кишечная палочка, протеи, некоторые грибы и др.).

Под влиянием факторов, снижающих барьерную роль кожи и слизистых оболочек (хронически истощающие болезни, нарушение иннервации внутренних органов, длительное применение антибиотиков, ионизирующего излучения и др.), эти микроорганизмы могут вызвать как местный, так и общий патологический процесс.

Чаще аутоинфекция развивается в полости рта, аппендиксе, конъюнктиве глаза, толстой кишке, бронхолёгочной системе, мочевых путях.

К аутоинфекциям относят отдельные виды гнойничковых поражений кожи (например, пиодермия), аппендицит, бронхит, пиелонефрит, холецистит, многие формы сепсиса и др.

Лечение аутоинфекционных процессов зависит от вида возбудителя, локализации и характера поражения.