Трудности съёмочного периода фильма «Андрей Рублёв». Съёмки в г. Владимир, несмотря на трудности, продвигались достаточно успешно. Накапливался опыт коллективного взаимодействия, работа набирала темп. В это время Андрей А. Тарковский и получил первый удар – в октябре 1965 г. в редакцию газеты «Известия» поступило письмо из Риги от профессора Латвийского государственного университета М. Темниковой: «В газетах имеется сообщение о том, что в Суздале и Владимире снимаются эпизоды для фильма "Андрей Рублёв". А вот "комментарий" к этому. Пишет моя добрая знакомая из Владимира: "Снимают теперь здесь для кино "Рублёва" и с такими, по нашему, ненужными сценами, что неприятно ходить и слышать. Например, обливают живую корову керосином и зажигают, представьте себе, как животное мучается, бегает в огне, мычит. То же делают и с лошадьми. Неужели так надо? Ведь дети смотрят, но многие и возмущаются". Действительно, это ведь татарские орды сжигали животных, а тут это делают работники "Мосфильма"! <...> На глазах у владимирцев или даже в лесу – но живьём сжигать животных! И во имя чего? Для "реализма" фильма о величайшем гуманисте земли русской Андрее Рублёве! Ведь это же просто профанация его памяти! Прошу – вмешайтесь в это пустое мучительство (и к тому же совершенно ненужное) животных и научите кинематографистов хоть капельке человечности, пусть они оставят в покое ничем неповинных коров и лошадей» (Косинова. 2016. С. 338–339).

Ещё одно письмо было адресовано министру культуры Е. А. Фурцевой: «На "Мосфильме" снимается фильм "Андрей Рублёв". Постановщик фильма Андрей Тарковский, оператор Юсов. В киножурнале № 2 за 1965 г. показаны кадры из этого фильма. В сцене пожара заснят живой горящий телёнок (крупный план). Картина пожара от этого живого факела настала грандиозной, но вызвала глубокое возмущение и у взрослых, и у детей, а для подростков с наклонностью к жестокости это послужит примером для подражания. Талантливый и человечный режиссёр не стал бы прибегать к подобным садистским приёмам. Мы просим указать это т. Тарковскому, а также настоятельно просим вырезать этот дикий кадр из фильма, так как зрелище живого существа, горящего, глубоко травмирует зрителей.

Просим ответить по адресу:

г. Ялта, Крым, ул. Чехова, 11

Горисполком секция животного мира.

Председатель Голукович» (Косинова. 2016. С. 339–340).

Старший редактор «Мосфильма» Э. Ошеверова ответила на последнее письмо: «Художественный совет 6-го творческого объединения киностудии "Мосфильм", обсуждая отснятый материал по фильму "Начала и пути" режиссёра А. Тарковского, так же обратил внимание на излишнюю натуралистичность этих кадров и рекомендовал убрать их при окончательном монтаже картины» (Косинова. 2016. С. 340).

Директор 6-го творческого объединения П. Данильянц подготовил документ, разъясняющий ситуацию:

 «29 октября 1965 г.

Справка

О съёмках одного из эпизодов объекта "Нашествие татар на г. Владимир" по фильму "Андрей Рублёв"

Желая с подлинной художественной силой показать ужасы татарского нашествия и разорения русской земли, съёмочная группа в одной из сцен показала, как татары, сметая всё на своём пути, сжигают дома, домашний скот, имущество. В этом эпизоде была снята выбежавшая из горящего хлева корова, охваченная пламенем. Для этой цели была взята одна корова, сданная после съёмки на бойню. В настоящее время съёмочной группе дано указание в дальнейших съёмках такого рода использования животных ни в коем случае не допускать» (Косинова. 2016. С. 340).

Группе удалось погасить конфликт, но напряжённая обстановка вокруг фильма ещё больше «наэлектризовывалась». Письма разгневанных неоправданной жестокостью обращения с животными шли в высокие инстанции – в Министерство культуры, в редакции ведущих советских газет и т. п. В зону напряжённых отношений втягивались и другие влиятельные силы. Тех, кто защищал и поддерживал позицию Тарковского, были единицы, тогда как армия недовольных и возмущённых неуклонно росла. Среди них оказались и кинематографисты. Так, К. Г. Муратова заявила: после того, что сотворил Тарковский с животными, он перестал для неё существовать.

Вскоре во время съёмок загорелась крыша Успенского собора во Владимире. К счастью, последствия пожара оказались минимальными, и кинематографисты сумели быстро возместить ущерб. Однако съёмки «Андрея Рублёва» велись под особым надзором и всё, что могло приключиться на них «не такого», тут же выплёскивалось на страницы прессы. На инцидент с Успенским собором отреагировал злым фельетоном популярный в СССР сатирический журнал «Крокодил»: на его страницах в красках сообщалось о том, что Тарковский якобы чуть не спалил ради своих съёмок памятник древнерусской архитектуры. Группе опять пришлось оправдываться.