Journal of Proteomics (J Proteom), рецензируемый научный журнал. Выпускается издательством Elsevier (Нидерланды) на английском языке. Официальный журнал Европейской протеомной ассоциации (European Proteomics Association, EuPA). Ежегодно публикуется 20 выпусков журнала.

В марте 1979 г. вышел первый номер издания Journal of Biochemical and Biophysical Methods. Руководили журналом учёные в области разработки биофизических и биохимических методов исследования К. Ф. Чигнелл (главный редактор) и С. Хьертен. Профессор Хьертен проработал в журнале 30 лет, до момента его переименования.

В 2008 г. Journal of Biochemical and Biophysical Methods был закрыт, а его место занял Journal of Proteomics. Нумерация выпусков была продолжена в новом издании, хотя речь идёт о двух разных журналах. По словам представителей издательства, пересмотр заявления редакции журнала о его целях и объёме отражает переход от традиционных аналитических и биохимических методов в область протеомики, включающей в себя полный спектр технологий: от исследования белков до внедрения их в клиническую практику (определение биомаркеров, анализ сыворотки, диагностика и лечение инфекционных заболеваний).

Обновлённый журнал стал «рупором» Европейской протеомной ассоциации, члены которой вошли в состав редакционной коллегии и в число руководителей издания.

В Journal of Proteomics публикуются результаты исследований в области протеомики микроорганизмов, растений и животных, а также статьи по метаболомике, геномике, токсигеномике, фармакопротеомике и системной биологии. Среди ключевых целей редакции журнала – объединение учёных-фундаменталистов и клиницистов, в том числе и занимающихся трансляционными исследованиями, позволяющими адаптировать данные, полученные в ходе экспериментов, к клинической практике.

Помимо научных статей, в Journal of Proteomics публикуются официальные отчёты EuPA и статьи Международной образовательной программы по протеомике (International Proteomics Tutorial Programme), в которой журнал участвует совместно с Human Proteome Organization и другими партнёрами.

Главный редактор журнала (с 1998) – профессор Хуан Кальвете, член Высшего совета по научным исследованиям Испании (Consejo Superior de Investigaciones Científicas, CSIC), профессор 5 степени Программы развития фундаментальной науки (Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas, PEDECIBA) в Уругвае, глава подразделения эволюционной и трансляционной веномики (протеомики токсинов пептидной природы) Института биомедицины Валенсии. Доктор Кальвете является экспертом в области химии белков и структурной биологии, а также соавтором более 200 научных публикаций. Помимо этого он выполняет обязанности редакционного консультанта в Biochemical Journal и является членом редколлегии журнала Toxicon.

Журнал индексируется в реферативных базах данных: BIOSIS Citation Index, Chemical Abstracts, Current Contents - Life Sciences, Embase, EMBiology, Elsevier BIOBASE, INSPEC, PubMed/Medline, Pascal Francis, Reference Update, Science Citation Index и Scopus.

ISSN: 1874-3919 (печатная версия), 1876-7737 (онлайн).

Наукометрические показатели журнала: SCImago Journal & Country Rank. В 2021 г. Journal of Proteomics вошёл во 2-й квартиль (Q2) по направлению «Biochemistry», его SJR составил 0,77, а индекс Хирша – 111.