Флори́стико-фаунисти́ческая тео́рия, одно из теоретических направлений в современной биогеографии (наряду с дисперсионной и викариантной биогеографией), опирающееся на физическую географию и палеогеографию. В этой теории формируется представление о флоре и фауне как группе видов с одинаковым местом происхождения (или рефугиумом во время ледникового периода), откуда эти виды расселялись и формировали свои ареалы. Расселение происходило в первую очередь в соответствии с характером территории и наличием или отсутствием биогеографических барьеров, а не только на основе биоэкологического потенциала вида (а именно его биологической способности к расселению и заселению новых местообитаний). Барьеры способствовали длительной изоляции биоты и отбору наиболее приспособленных форм. Флористико-фаунистическая теория объясняет современное распределение биоты не как случайный процесс, а как продукт её исторического развития, проходящего под постоянным контролем физико-географических факторов. Именно географическое пространство определяет порядок расположения биологических таксонов и формирование их устойчивых комбинаций (флор и фаун) на разных континентах. Из-за неоднородности экологического пространства и наличия барьеров реальные ареалы многих таксонов оказываются значительно меньше, чем потенциальные, или имеют разрывы (дизъюнктивный ареал). Каждая современная или ископаемая флора и фауна представляет собой весьма сложное, исторически сформировавшееся явление, составные элементы которого тесно взаимосвязаны друг с другом и с внешней средой. Поэтому их изучение в биогеографии предусматривает, помимо анализа современного распространения, получение данных о геологическом прошлом Земли и сопоставление с физико-географическими и палеогеографическими данными. На основе анализа ареалогической и филогенетической (таксономической) структур биоты или сообщества, привлечения палеогеографических свидетельств выявляются территории становления видов, их географический генезис, что позволяет выделить во флорах и фаунах различные географо-генетические группы. Наиболее важны в таком анализе региональные формы, возникшие более или менее одновременно и существующие (существовавшие) здесь автохтонно, – автохтонные (аборигенные) виды, в отличие от аллохтонных, появившихся на данной территории из других мест за счёт расселения. Различные географо-генетические группы (в первую очередь аллохтонные элементы) называют также «флорула» (для растений) и «фаунула» (для животных). В целом исторический подход характерен для всех современных биогеографических школ, считающих, что настоящее каждого биологического вида в значительной мере определяется его прошлым. Комплекс таких задач решает историческая биогеография (или эпионтология), изучающая эволюцию ареалов и учитывающая не только формальное сходство в конфигурации ареалов, но и родство по происхождению и одинаковую историческую судьбу в периоды формирования флор и фаун или дальнейшего расселения видов. Результаты таких исследований обогащают не только биогеографию, но и эволюционную теорию, систематику и экологию.