Автохто́нный ареа́л, место, где биологический таксон возник, эволюционировал и может существовать в настоящее время. Автохтонный ареал характерен для вида-автохтона или более крупной систематической категории (в этом случае автохтонной может быть часть ареала). Автохтонный ареал называют также первичным: он представляет наиболее древнее ядро флоры или фауны, поскольку у автохтонов область происхождения вида и центр таксономического разнообразия совпадают. Это означает, что в автохтонной части ареала наблюдается наибольшее количество таксонов (видов, разновидностей) по сравнению с остальными частями ареала.

Автохтонный ареал, наряду с аллохтонным, выделяют при анализе динамики и структуры ареала. Его исследуют также в рамках исторической биогеографии при анализе современных очагов биологического разнообразия для выявления первичных и вторичных центров, реконструирования истории формирования флор и фаун, исследований эволюции ареалов. Для решения таких задач привлекают методы палеогеографии, палеоботаники, палеоклиматологии. Восстановить историю эволюции автохтонного ареала помогают филогенетические методы, основанные на сравнительном изучении морфологии, кариологии, генетики и географии родственных форм. Так, для рода ирис, широко распространённого в Северном полушарии и насчитывающего свыше 250 видов (по данным The Plant List – 362 вида), с помощью цитогенетических критериев было установлено, что автохтонный ареал и первичный очаг таксономического разнообразия совпадают и находятся в Средиземноморской области, где ещё можно встретить наиболее примитивные формы ирисов, обладающие клубнями, а не корневищами.

У безлистных стеблевых суккулентов стапелиевых (триба Stapelieae, семейство ластовневых), напротив, наибольшее число видов представлено в Южной Африке, но автохтонный ареал родоначальницы таксона – примитивной формы, не утратившей листья, – находится в Индии. В случаях, когда эволюция вида прервалась в автохтонном ареале и продолжилась в аллохтонном, установить область происхождения (автохтонную часть ареала) можно только по палеонтологическим находкам или музейным экземплярам.