Комплемента́ция, полное или частичное восстановление нормального развития признака при наличии в генотипе рецессивных мутантных аллелей, полученных от разных родительских форм с аномальным развитием признака.

Явление комплементации обнаруживается в специальном функциональном тесте на аллелизм. Исключая некоторые особые случаи, она наблюдается при объединении мутантных аллелей разных генов и определяется как межгенная комплементация.

В случае разных аллелей одного гена образуются компаунды, у которых может проявляться межаллельная комплементация только для части пар аллелей определённых генов. Это позволило строить карты межаллельной комплементации, которые расширили представления о структуре генов и пространственной структуре кодируемых ими белков. Межаллельная комплементация обнаруживается для генов, кодирующих белки, чья четвертичная структура образована двумя или более идентичными субъединицами. При формировании такого белка на основе связей между субъединицами, имеющими дефекты в разных доменах, происходит взаимное дополнение неповреждённых доменов, сопровождаемое исправлением пространственного дефекта одной субъединицы нормальным участком другой субъединицы. В результате белок становится частично или полностью активным, что и является результатом межаллельной комплементации.

Теория межаллельной комплементации первоначально разработана английскими учёными Ф. Криком и Л. Оргелом (1964) и российскими исследователями В. А. Ратнером, С. Н. Родиным и А. Н. Шендеровым (1976). Хотя комплементация выявила относительность функционального теста на аллелизм, этот тест до сих пор остаётся важным инструментом генетических исследований.