Геноти́п (от ген и тип), совокупность всех генов (включая их аллели) организма, полученных особью от родителей. Современная генетика рассматривает генотип как сложную систему, включающую не только совокупность аллелей, но и виды взаимодействий между ними, их взаимное расположение в генетическом материале с учётом хромосомных перестроек. Термин «генотип» предложен В. Иогансеном в 1909 г.

Генотип представляет собой индивидуальную генетическую программу развития организма – его фенотипа (все внешние признаки) в определённых условиях среды. Организмы (клетки) разного генотипа могут иметь сходный фенотип, что определяется взаимодействием аллелей как одного гена (доминирование), так и разных генов (комплементарность, эпистаз, полимерия).

Организмы одинакового генотипа могут различаться по фенотипу, так как фенотипическое проявление генотипа может обратимо изменяться под действием факторов внешней среды. Например, у некоторых пород кроликов при нормальной температуре нос, уши, лапы и хвост окрашены в чёрный цвет на фоне белой окраски шерсти остальной части тела. Выращивание таких крольчат при повышенной температуре вызывает развитие сплошного белого меха на теле, а при пониженной – сплошного чёрного.

Закономерные необратимые изменения фенотипа без изменений генотипа происходят в ходе индивидуального развития (онтогенеза) клеток и организмов. Это определяется тем, что на разных этапах развития организма функционируют не все гены, а только определённая часть генотипа. На основе последовательных изменений активности определённых генов происходит специализация (дифференцировка) клеток многоклеточного организма (например, нервных, мышечных, эпителиальных и др.), смена стадий развития (например, яйцо → гусеница → куколка → бабочка) и рост организма.

При бесполом размножении организмов и делении клеток митозом потомки имеют такой же генотип, как и родители. При половом размножении это происходит только в том случае, если родительские особи являются гомозиготными по одинаковым аллелям генов. У человека одинаковым генотипом обладают однояйцевые близнецы – потомки одной делящейся митозом оплодотворённой яйцеклетки.

Изменения генотипа происходят в результате мутаций или возникновения новых комбинаций аллелей у потомков при половом размножении родителей, а у бактерий – при трансформации и трансдукции. Существование в популяции особей с разными генотипами обеспечивает определенный уровень генотипической изменчивости, на основе которой происходит эволюция организмов.