Каранти́нный сертифика́т, документ, который удостоверяет соответствие партии подкарантинной продукции карантинным фитосанитарным требованиям и выдан федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в области карантина растений, при перемещении подкарантинной продукции по территории Российской Федерации [п. 15 ст. 2 Федерального закона от 21 июля 2014 № 206-ФЗ «О карантине растений» (Закон № 206-ФЗ)].

Оформление карантинного сертификата является мерой, направленной на предупреждение распространения карантинных объектов, в отношении которых введён карантинный фитосанитарный режим в определённой карантинной фитосанитарной зоне. Карантинный сертификат оформляется территориальным управлением Россельхознадзора на каждую партию подкарантинной продукции при её вывозе из карантинных фитосанитарных зон, установленных в связи с выявлением карантинного объекта, заражение и/или засорение которым характерно для вывозимой подкарантинной продукции. При этом указанный сертификат выдаётся в форме электронного документа, подписанного усиленной квалифицированной электронной подписью. Запись о выданном карантинном сертификате вносится в федеральную государственную информационную систему выдачи и учёта фитосанитарной документации (ч. 1 ст. 21, ч. 8 ст. 29 Закона № 206-ФЗ, пункты 3–5 Порядка выдачи фитосанитарного сертификата, реэкспортного фитосанитарного сертификата, карантинного сертификата, утверждённого приказом Минсельхоза России от 12 января 2022 № 7).

Перечень подкарантинной продукции, на которую выдаётся карантинный сертификат, утверждён приказом Минсельхоза России от 30 июля 2020 г. № 432. Так, например, карантинный сертификат выдаётся на овощи, съедобные корнеплоды и клубнеплоды; зерно зерновых, бобовых, технических и масличных культур, предназначенное для переработки или кормления животных.

Собственник подкарантинной продукции (уполномоченное лицо) обязан погасить карантинный сертификат в течение 1 дня с момента доставки подкарантинной продукции, для чего сведения о завершении перевозки вносятся в федеральную государственную информационную систему в области карантина растений (ч. 8 ст. 21 Закона № 206-ФЗ).