Исследования:
Мотрошилова Н. В. Принципы и противоречия феноменологической философии. – Москва : Высшая школа, 1968.
Мотрошилова Н. В. Познание и общество : из истории философии XVII–XVIII веков. – Москва : Мысль, 1969.
Мотрошилова Н. В. Наука и ученые в условиях современного капитализма : (философско-социологическое исследование). – Москва : Наука, 1976.
Мотрошилова Н. В. Истина и социально-исторический процесс познания. – Москва : Знание, 1977. – (Новое в жизни, науке, технике. Философия ; № 8).
Мотрошилова Н. В. Путь Гегеля к «Науке логики» : формирование принципов системности и историзма. – Москва : Наука, 1984.
Мотрошилова Н. В. «Идеи I» Эдмунда Гуссерля как введение в феноменологию. – Москва : Феноменология-Герменевтика, 2003. – (Феноменологическая серия).
Мотрошилова Н. В. Работы разных лет: избранные статьи и эссе. – Москва : Феноменология-Герменевтика, 2005.
Мотрошилова Н. В. Мыслители России и философия Запада : В. Соловьев, Н. Бердяев, С. Франк, Л. Шестов. – Москва : Республика : Культурная революция, 2006.
Мотрошилова Н. В. Мераб Мамардашвили: философские размышления и личностный опыт. – Москва : Канон+, 2007.
Мотрошилова Н. В. Цивилизация и варварство в эпоху глобальных кризисов. – 2-е, расш. и испр. изд. – Москва : Канон+, 2010. – (Гуманитарное знание – XXI век).
Мотрошилова Н. В. Отечественная философия 50–80-х годов XX века и западная мысль : междисциплинарный поиск в свете социологии философского познания. – Москва : Академический проект, 2012. – (Современная русская философия).
Мотрошилова Н. В. Мартин Хайдеггер и Ханна Арендт : бытие – время – любовь. – Москва : Гаудеамус : Академический проект, 2013. – (Философские технологии).
Мотрошилова Н. В. «Черные тетради» М. Хайдеггера: по следам публикации // Вопросы философии. – 2015. – № 4. – С. 131–162.
Мотрошилова Н. В. И снова о «Черных тетрадях» Мартина Хайдеггера (к дебатам лета – осени 2015 г.) // Вопросы философии. – 2016. – № 7. – С. 39–55.
Мотрошилова Н. В. Ранняя философия Эдмунда Гуссерля (Галле, 1887–1901). – Москва : Прогресс-Традиция, 2018.
Мотрошилова Н. В. Ожидаемое и неожиданное в новой книге Юргена Хабермаса «И снова – история философии» («Auch eine Geschichte der Philosophie») // Вопросы философии. – 2020. – № 8. – С. 166–180.
Избранная кантиана Н. В. Мотрошиловой:
Мотрошилова Н. В. Социально-исторические корни немецкой классической философии. – Москва : Наука, 1990. – (Немецкая классическая философия. Новые исследования).
Мотрошилова Н. В. Рождение и развитие философских идей : историко-философские очерки и портреты. – Москва : Политиздат, 1991.
Кант И. Сочинения на немецком и русском языках / подгот.: Н. Мотрошилова, Б. Тушлинг. – Москва : Ками : Канон+, 1994–2018. – 7 т.
Иммануил Кант: наследие и проект : [материалы Международного кантовского конгресса, Москва, 24–28 мая 2004 г. / отв. ред. Н. В. Мотрошилова]. – Москва : Канон+, 2007.
Kant in Spiegel der russischen Kantforschung heute / hrsg. von N. Motroschilowa, N. Hinske. – Stuttgart : Frommann-Holzboog, 2008. – (Forschungen und Materialien zur deutschen Aufklärung. Abt. 2. Monographien ; Bd. 20).
Учебные пособия:
История философии: Запад – Россия – Восток : учебник для студентов вузов / под ред. Н. В. Мотрошиловой. – Москва : Греко-латинский кабинет Ю. А. Шичалина, 1995–1999. – 4 т.
История западноевропейской философии : учебное пособие / [отв. ред. Н. В. Мотрошилова]. – Москва : Институт философии РАН, 1998.
Литература:
Гусейнов А. А. Н. В. Мотрошилова и философы-шестидесятники // Мотрошилова Н. В. Работы разных лет: избранные статьи и эссе. – Москва : Феноменология-Герменевтика, 2005. – С. 4–11.
Быкова М. Ф. Н. В. Мотрошилова: философ по профессии и образу жизни / М. Ф. Быкова, М. А. Солопова // Сущность и слово : сборник научных статей к юбилею профессора Н. В. Мотрошиловой / [сост. и науч. ред. М. А. Солопова и М. Ф. Быкова]. – Москва : Феноменология-Герменевтика, 2009. – С. 4–6.
Синеокая Ю. В. Двойной портрет: профессор Н. В. Мотрошилова в философии и в жизни // Философские науки. – 2014. – № 2. – С. 89–105.
Шестопал А. В. Русская философия: современность и классика (размышления над трудами Н. В. Мотрошиловой) // Вопросы философии. – 2014. – № 3. – С. 14–29.
Интервью:
Беседа с Н. В. Мотрошиловой // Вопросы философии. – 1997. – № 9. – С. 133–137.
Ознобкина Е. Беседа Елены Ознобкиной с Н. В. Мотрошиловой // Логос. – 2000. – Вып. 1. – С. 18–27.
Неля Мотрошилова: Мераб Мамардашвили – классическая мужественная душа // Форум Плюс. – 2011. – № 1. – С. 56–59.
Татаренко Н. А. Антиномии в развитии философии советского периода : интервью с Н. В. Мотрошиловой // Историко-философский ежегодник. – 2018. – Т. 33. – С. 337–360.
Некрологи:
Круглов А. Нелли Васильевна Мотрошилова (1934–2021): некролог // HORIZON. Феноменологические исследования. – 2021. – Т. 10, № 2. – С. 613–619.