Ме́тод молекуля́рной дина́мики (метод МД), одно из направлений компьютерного моделирования свойств вещества, основанное на численном решении уравнений движения составляющих его частиц. По результатам расчётов и анализа траекторий частиц свойство вещества оценивается через статистические средние величины. Впервые метод МД применён в 1957 г. американскими физиками Б. Олдером и Т. Уэйнрайтом для расчётов фазовой диаграммы (перехода жидкой фазы в твёрдую) модельной системы из твёрдых сферических тел. В 1964 г. американским физиком А. Рахманом выполнено моделирование свойств жидкого аргона по вычисленным траекториям нескольких сотен атомов аргона с использованием потенциала взаимодействия Леннард-Джонса. В 1977 г. американскими химиками-теоретиками М. Карплусом и Дж. Э. Маккоммоном опубликован анализ флуктуаций белковой макромолекулы по расчётным траекториям её атомов.

В методе МД все частицы модельной системы (например, химически связанные атомы макромолекулы или ансамбли химически несвязанных атомов или малоатомных молекул) должны быть охарактеризованы параметрами, определяющими тип движения и взаимодействие частиц в системе (прежде всего массами и зарядами). Допускается объединение частиц в группы с фиксированными внутренними координатами. Для расчётов траекторий частиц или групп частиц должен быть указан закон взаимодействия частиц, позволяющий вычислять действующие на них силы. В наиболее частых применениях метод МД предполагается решение уравнений классической механики с аналитически заданными потенциалами взаимодействия. В свою очередь, параметры потенциалов подбираются либо по согласованию результатов моделирования с экспериментальными данными, либо по результатам независимых расчётов энергии взаимодействия частиц, определяя их внутреннюю структуру, в частности методами квантовой механики для электронно-ядерной модели строения атомов и молекул. Развиваются варианты неэмпирического метода МД с прямым численным расчётом сил, действующих на атомы, из квантовых уравнений. Численное интегрирование уравнений движения проводится с помощью различных вариантов конечно-разностного метода решения дифференциальных уравнений с выбором шага по времени в большинстве случаев от 0,1 до 5 фс.

Метод МД с использованием суперкомпьютеров терафлопсного (и выше) класса позволяет для систем из десятков тысяч частиц рассчитывать траектории за промежутки времени до нескольких микросекунд. Наиболее широко метод МД применяется для моделирования свойств атомно-молекулярных систем в биохимии, физике твёрдого тела и динамике жидкостей.