Экологи́ческая ДНК (environmental DNA, eDNA; свободная ДНК), ДНК, присутствующая в окружающей среде и не относящаяся к определённому организму. В процессе своей жизнедеятельности все организмы высвобождают в окружающую среду молекулы своей ДНК (например, в процессе выделения биологических жидкостей, сбрасывания кожи и т. д.). Экологическую ДНК собирают из образцов почвы, воды, воздуха и т. д. для исследований, которые представляют собой полезный инструмент для обнаружения редких, находящихся под угрозой вымирания животных, определения ареала обитания тех или иных организмов, отслеживания распространения болезнетворных бактерий и вирусов.