Водоро́дные бакте́рии, группа микроорганизмов, использующих для получения энергии окисление молекулярного водорода с участием молекулярного кислорода в качестве конечного акцептора электронов: 2H₂ +O₂→2H₂O. Эта реакция свойственна широкому кругу микроорганизмов, обитающих в различных средах. Она проходит с участием фермента гидрогеназы. Хотя водородные бактерии – автотрофные организмы, большинство представителей этой группы дополнительно в ходе роста и развития используют незначительные количества низкомолекулярных органических веществ. Часть водородных бактерий способна окислять монооксид углерода (карбоксидобактерии). Первоначально к водородным бактериям относили только представителей рода Hydrogenomonas. Ныне в состав группы включают разнообразные роды бактерий, в названии которых обычно имеется корень Hydrogeno-. Установлено также, что способность к аэробному автотрофному росту с использованием Н₂ свойственна нокардиям, некоторым коринебактериям (артробактерии) и клубеньковым бактериям (ризобиумы), а также ряду других. Среди водородных бактерий встречаются обитатели горячих глубоководных источников (газогидротерм) – бактерии рода Aquificales, филогенетически относящиеся к древнейшим эубактериям.