Ступе́нчатый аллеломорфи́зм, существование в составе одного гена более мелких элементов (субгенов), формирующих комплексный локус или серию псевдоаллелей.
Явление ступенчатого аллеломорфизма было открыто Н. П. Дубининым, А. С. Серебровским и И. И. Аголом в ходе изучения мутаций локуса sc-ac, включающего в себя гены scute и achaete у дрозофилы (Drosophila melanogaster). Первая статья на эту тему, «Исследование явления ступенчатого аллеломорфизма у Drosophila melanogaster», была опубликована Н. П. Дубининым в 1929 г. Было показано, что ген нельзя считать единицей мутации, так как он представляет собой сложное образование из независимо мутирующих и действующих друг на друга частей. Обнаружение ступенчатого аллеломорфизма опровергало корпускулярную теорию действия гена как единого целого.
Графическое изображение результата скрещивания разных аллелей одного гена (аллеломорфов) выглядит как лестница со ступеньками, что и дало данному феномену такое название. Если аллели принадлежат гомологичным генам, говорят о псевдоаллелизме.