Полу́нин Алексе́й Ива́нович [19.9(1.10).1820, Бежецк Тверской губернии, ныне Тверская область – 3(15).10.1888, Москва], российский врач, один из основоположников отечественной патологической анатомии и патологии.

После окончания в 1842 г. медицинского факультета Московского университета (ныне Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова) стажировался в Германии, Франции и Великобритании (1842–1847), особенно интересуясь развитием патологической анатомии, которое происходило под влиянием научных концепций Р. Вирхова.

В 1847–1848 гг. работал в госпитальной терапевтической клинике Московского университета.

С 1849 г. профессор этого университета, где организовал (1849) и возглавил первую в России кафедру патологической анатомии, став основоположником московской школы патологоанатомов.

Полунин создал при этой кафедре первый в стране музей патолого-анатомических препаратов.

В 1869 г. основал кафедру общей патологии и первым в России начал читать самостоятельный курс общей патологии. Как декан медицинского факультета (1863–1878) был инициатором ряда мероприятий по реорганизации преподавания медицинских дисциплин в университетах России (путём создания специализированных клиник). Будучи сторонником клинико-анатомического направления в патологической анатомии, Полунин подчёркивал важное значение её для клиники в качестве основы понимания механизмов возникновения и развития болезней, их течения и исходов.

Основные научные труды А. И. Полунина посвящены вопросам морфологии воспаления и инфекционных болезней.

Полунин описал патолого-анатомическую картину холеры (была темой его дисcертации, 1848). На основе многочисленных вскрытий впервые описал процессы заживления при лёгочном туберкулёзе, доказав его излечимость.

Высказал гипотезу о роли желудка в процессе кроветворения.

Полунин был одним из первых в России медиков-публицистов.

В 1851–1859 гг. редактор и издатель (на свои средства) «Московского врачебного журнала», сыгравшего важную роль в распространении медицинских знаний в стране. Большой заслугой А. И. Полунина явились переводы на русский язык и издание трудов ряда крупных зарубежных учёных, включая знаменитые 20 лекций Р. Вирхова по клеточной патологии (1858), работы Й. Шкоды, немецкого гистолога, эмбриолога А. фон Кёлликера (1817–1905).

В 1879 г. при уходе в отставку А. И. Полунин был избран почётным членом Московского университета.