Морфоге́ны, сигнальные молекулы, которые могут менять направление морфогенеза. Морфогеном может быть любое химическое соединение или вещество, которое действует на клетки и вызывает специфический ответ в зависимости от его локальной концентрации.

Морфогенами могут быть, например, факторы транскрипции, взаимодействующие с ДНК, вещества, регулирующие межклеточные взаимодействия, в частности, агрегацию клеток, и др. По мере диффузии морфогенов на раннем этапе развития эмбриона формируется градиент концентрации, который индуцирует или поддерживает экспрессию тех или иных генов и тем самым определяет процесс дифференцировки стволовых клеток.

Термин «морфоген» придумал Алан Тьюринг в 1952 г., а в 1995 г. одним из трёх лауреатов Нобелевской премии по физиологии и медицине стала Кристиане Нюсслайн-Фольхард, чьи исследования объясняли работу морфогена Bicoid (bcd), кодирующего белок, который определяет развитие эмбриона дрозофилы.

(Механизмы клеточной дифференцировки. Минск, 2017.)