Микрофло́ра (от микро... и флора), совокупность разнородных групп микроорганизмов (бактерий, микроскопических грибов, протистов), населяющих определённую среду обитания, например, микрофлора почвы, воды, воздуха, горных пород, рубца жвачных и т. п. Термин «микрофлора» считается устаревшим и неточным в связи с тем, что в современной системе живого мира большинство микроорганизмов не относится к царству растений. Однако по традиции он продолжает широко использоваться, особенно в учебной, научно-популярной и медицинской литературе. Некоторые словосочетания прочно закрепились в биологическом лексиконе, например, автохтонная микрофлора (микроорганизмы, постоянно присутствующие в данной среде обитания), аллохтонная микрофлора (привнесённые микроорганизмы), микрофлора рассеяния (комплекс олиготрофных микроорганизмов, завершающих минерализацию органического вещества), эпифитная микрофлора (микроорганизмы, развивающиеся на поверхности растений и усваивающие выделения их тканей), нормальная микрофлора (непатогенные микроорганизмы, населяющие кожу, слизистые оболочки, кишечник и другие органы животных и человека, не оказывающие негативных воздействий на организм и даже выполняющие ряд важных, полезных для организма функций) и др.