Сочинения:
Яковлев А. И. «Безумное молчание»: (причины Смуты по взглядам русских современников) // Сборник статей, посвящённых Василию Осиповичу Ключевскому его учениками, друзьями и почитателями ко дню тридцатилетия его профессорской деятельности в Московском университете (5 декабря 1879 – 5 декабря 1909 года). – Москва : Печатня С. П. Яковлева, 1909. – С. 651–678.
Наместничьи, губные и земские уставные грамоты Московского государства / под ред. А. И. Яковлева. – Москва : Историко-филологический факультет Императорского Московского университета, 1909.
Счётное дело Приказа сбора ратных людей 149–153/1640–1645 гг. / изд. А. Яковлевым. – Москва : типография Г. Лисснера и Д. Собко, 1916.
Яковлев А. И. Засечная черта Московского государства в XVII веке : очерк из истории обороны южной окраины Московского государства. – Москва : Типография Г. Лисснера и Д. Собко, 1916.
Яковлев А. И. Приказ сбора ратных людей : 146–161/1637–1653 гг. – Москва : Товарищество типографии А. И. Мамонтова, 1917.
Яковлев А. И. Холопство и холопы в Московском государстве XVII в. : по архивным документам Холопьего и Посольского приказов, Оружейной палаты и разряда. – Москва ; Ленинград : Издательство Академии наук СССР, 1943. – Т. 1.
Яковлев А. И. Василий Осипович Ключевский (1841–1911) // Записки Мордовского научно-исследовательского института языка, литературы и истории при СНК МАССР. – Саранск : Издательство МНИИЯЛИ, 1946. – Вып. 6. – С. 94–131.
Источники:
Центральный государственный архив г. Москвы. Отдел хранения документов до 1917 г. Ф. 418. Оп. 69. Д. 546; Оп. 84. Д. 537; Оп. 95. Д. 845.
Архив Российской государственной библиотеки. Оп. 22. Д. 922.
Литература:
Бочкарев В. Н. Алексей Иванович Яковлев // Записки Мордовского научно-исследовательского института языка, литературы и истории при СНК МАССР. – Саранск : Издательство МНИИЯЛИ, 1952. – Вып. 15. – С. 101–120.
Душинов С. М. К истории отечественной археографии: (издания, подготовленные А. И. Яковлевым) // Археографический ежегодник за 1976 год. – Москва : Наука, 1977. – С. 11–120.
Александров Г. А. Алексей Иванович Яковлев // Вопросы истории. – 2003. – № 8. – С. 151–158.
Сотрудники Российской государственной библиотеки : биобиблиографический словарь : Московский публичный и Румянцевский музеи, 1862–1917 / сост. Л. М. Коваль, А. В. Теплицкая. – Москва : Пашков дом, 2003. – С. 181–182.
Клапиюк В. Т. Алексей Иванович Яковлев – историк, педагог, библиотекарь, библиограф: (к 60-летию Великой Победы и 75-летию МГУКИ) // Вестник Московского государственного университета культуры и искусств : научный журнал. – 2005. – № 2. – С. 144–150.
Краснов Н. Г. Иван Яковлев и его потомки. – 2-е изд., доп. – Чебоксары : Чувашское книжное издательство, 2007. – (Замечательные люди Чувашии).
Тихонов В. В. «В истории так мало незыблемых истин…»: (к 130-летию со дня рождения Алексея Ивановича Яковлева) // История и историки. Историографический вестник. 2008. – Тула : Гриф и К, 2010. – С. 289–317.
Тихонов В. В. Московская историческая школа в первой половине XX века: научное творчество Ю. В. Готье, С. Б. Веселовского, А. И. Яковлева и С. В. Бахрушина. – Москва ; Санкт-Петербург : Нестор-История, 2012.
Кривошеев Ю. В. Историк А. И. Яковлев и революционер В. И. Ульянов-Ленин: (по материалам Архива ФСБ по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области и воспоминаниям) // Новейшая история России. – 2018. – № 2. – С. 410–423.
Кривошеев Ю. В. Историк А. И. Яковлев и царские генералы (А. А. Брусилов, Л. Г. Корнилов, А. И. Деникин) // Вопросы истории. – 2019. – № 1. – С. 96–108.
Кривошеев Ю. В. «…Я никогда не брал на себя фальшивой роли поклонника советской системы» : А. И. Яковлев на следствии по «Академическому делу» // Вестник Рязанского государственного университета имени С. А. Есенина. – 2020. – № 1. – С. 7–13.
Парадигмы российской истории сквозь призму биографистики: (к 140-летию Алексея Ивановича Яковлева) : сборник трудов Всероссийской научной конференции с международным участием / редкол.: О. Н. Широков [и др.]. – Чебоксары : Среда, 2019.