Гетерозиго́тность (от гетеро… и зигота), наличие в генотипе различных аллелей гена (генов) или разных по структуре гомологичных хромосом. Организм (клетку, вирус) с таким генотипом называют гетерозиготой (термин предложен У. Бейтсоном в 1902 г.).

Гетерозиготы обычно условно обозначают латинскими символами, например, Аа, где А – доминантный аллель, оказывающий более сильное влияние на проявление признака, а – рецессивный аллель, подавляемый доминантным.

Источник гетерозиготности – гибридизация или мутация. Гетерозиготность обеспечивает изменчивость для микроэволюции природных популяций. Обладая более разнообразным набором аллелей, гетерозиготные особи лучше приспособлены к различным колебаниям условий внешней среды, отличаются большей жизнестойкостью, продуктивностью, устойчивостью к различным заболеваниям.

В селекции гетерозиготность используют для получения исходного материала и гетерозиса. Гетерозиготность по аллелям гена, предотвращающего самоопыление, у многих растений поддерживается автоматически. Гетерозиготность, обусловленная хромосомными перестройками (инверсии и транслокации), сопровождается снижением плодовитости и долей нормальных потомков человека и других организмов. Это служит одной из причин стерильности межвидовых гибридов.

У человека в гетерозиготном состоянии находится в среднем около 10 % его генов. Гетерозиготность здоровых родителей по одинаковому «неблагоприятному» рецессивному аллелю даёт 25 % риска рождения детей с наследственной болезнью.