Центр молекуля́рной диагно́стики (ЦМД; англ. Center of Molecular Diagnostics, CMD), российский лабораторно-диагностический центр. Штаб-квартира расположена в Москве.

Центр включает в себя научные подразделения, современный научно-производственный комплекс и крупную многопрофильную клинико-диагностическую лабораторию, состоящую из лаборатории молекулярных методов диагностики, иммунологической и бактериологической лабораторий, лаборатории клинической диагностики.

Главная задача ЦМД – создание современных молекулярно-генетических методов, технологий и алгоритмов для диагностики инфекционных заболеваний (на основе фундаментальных научных исследований) и их внедрение в практику здравоохранения и эпидемиологического надзора. Ежегодно ЦМД выполняет более 5 млн клинических лабораторных исследований, выпускает более 300 тыс. диагностических наборов для медицинских обследований, анализов, эпидемиологического контроля, ветеринарных исследований, анализа пищевых продуктов; разрабатывает и внедряет в практику новые тест-системы для молекулярной диагностики и др.

История центра началась в 1963 г. с основания Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии (ЦНИИЭ). В 1971 г. институт возглавил академик Академии медицинских наук СССР, профессор В. И. Покровский. В 1992 г. в ЦНИИЭ открыта Лаборатория молекулярной диагностики инфекционных заболеваний человека и животных, что дало толчок развитию молекулярной диагностики в России. В 1998–2000 гг. в ЦНИИЭ была организована специализированная клиническая лаборатория для диагностики и контроля лечения инфекционных заболеваний, разработаны первые российские тест-системы для молекулярной диагностики инфекционных заболеваний.

В 2003 г. на базе ЦНИИЭ создан Центр молекулярной диагностики инфекционных болезней, который с 2007 г. носит название Центра молекулярной диагностики. В 2008 г. в научно-производственной лаборатории ЦМД начато производство тест-систем и реагентов для молекулярной диагностики. К 2010 г. учёными центра разработано и внедрено в практику более 500 тестов для диагностики социально значимых инфекционных болезней. К 2015 г. ЦМД стал одним из крупнейших многопрофильных лабораторных комплексов России и лидером рынка лабораторных услуг и молекулярных технологий России и ближнего зарубежья. В 2018 г. институт возглавил академик РАН профессор В. Г. Акимкин.